쿠보키는 2018년 12월 7일 기소되었으며 본인의 자백에도 불구하고 증거가 없어서 3명의 살인 혐의와 소독액을 주사해 준비해놓은 5명치 링거액을 물증으로 한 살인예비 혐의만을 재판에 넘길 수밖에 없었다. 독살인지를 알아내려면 사망한 사람의 혈액을 전용 분석장치에 돌려 의심되는 약물이 혈액 중 어느 정도의 농도에 달했는지, 과거에 보고된 치사량에 달했는지, 사인이 될 수 있는지를 진단할 필요가 있다. 사망자를 부검하지 않으면 약물 투여가 사인에 어느 정도 영향을 줬는지 진단하기가 상당히 어렵다. 이미 사망진단서가 수리되어 시신이 화장되었다면 사망자의 혈액은, 그러니까 살인 사건의 증거는 영원히 사라져 버린다. '중독사'였으나 그냥 '병사'로 처리되고 만 피해자들의 여부를 알 길이 없어진 것이다.
2021년 11월 8일 요코하마 지방재판소에서 무기징역을 선고받았다. 인정된 것만 3명을 살해했으나 정신감정 결과 발달장애와 우울증이 있음이 인정되었고 이것이 정상참작되어 나가야마 기준에 따라 사형은 면했다.
아직 범인이 잡히기 전에 나온 일본의 부검의 니시오 하지메가 쓴 책 죽음의 격차에서 이 사건이 언급된다. 한국에서는 범인이 잡힌 후에 이 책이 번역 출간되어 그 사실에 대해 역자가 주석을 달아 추가해 놓았다.
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